Desa Kedokanagung merupakan Desa Pemekaran dari Desa Kedokanbunder, yang terjadi pada tahun 1983.

Desa Kedokanbunder dahulunya adalah suatu kawasan hutan yang dikenal dengan nama Lebak Sungsang. Kemudian kawasan hutan Lebak Sungsang tersebut dibabat dan di bakar untuk dibentuk suatu pedukuhan oleh Nyi Mas Kawunganten (Istri dari Syech Syarif Hidayatullah).

Pada tahun 1499 Pedukuhan Lebak Sungsang tersebut di beri patok batas oleh Ki Kuwu Sangkan, Sunan Bonang dan Pangeran Pager Toya (selanjutnya tahun 1499 tersebut dijadikan sebagai tahun berdirinya Desa Kedokanbunder).

Adapun nama KEDOKANBUNDER berasal dari terjadinya Pertarungan antara Nyi Mas Kawunganten dengan Putra Raja Campa (JIOU PHAK). Pertarungan tersebut disebabkan karena adanya maksud Putra Raja Campa untuk  meminang Nyi Mas Kawunganten dan Pinangan tersebut ditolak oleh Nyi Mas Kawunganten karena Nyi Mas Kawungan telah bersuami.

Nyi Mas Kawunganten dengan senjatanya berupa Golok Cabang pemberian Ki Kuwu Sangkan berhasil mengalahkan Putra Raja Campa.

Serangan Nyi Mas Kawunganten membuat Putra Raja campa Terdudukdan sekarat membentuk Bundaran (dalam bahasa Jawa : Terduduk = Kedodok, Bundar = Bunder) hingga tewas.

Untuk mengenang Pertarungan dan Kemenangan Nyi Mas Kawunganten ahirnya Pedukuhan LEBAK SUNGSANG berganti nama menjadi KEDOKANBUNDER

. 

2.1.1.2.Terbentuknya Desa Kedokanagung

Desa Kedokanagung terbentuk pada tahun 1983 dari terjadinya Pemekaran Desa Kedokanbunder. Dimana pada tahun 1983 Desa Kedokanbunder dimekarkan menjadi 3 (tiga) Desa yaitu :

1. Desa Kedokanbunder (yang merupakan Desa Induk)
2. Desa Kedokanagung dan
3. Desa Kedokanbunder Wetan.

Untuk dapat menyelenggarakan Pemerintahan Desa Kedokanagung yang baru terbentuk, saat itu diangkat  sebagai Pejabat Sementara Kuwu Kedokanagung adalah Bpk. SARJANA.

Sehubungan dengan belum tersedianya Kantor Pemerintah Desa Kedokanagung, maka Pemerintah Desa Kedokanagung untuk sementara menyewa tanah dan bangunan  milik Bpk. TARPAN (alm) yang ada di wilayah Blok Wetan (sebelah Timur Pasar Desa Kedokanagung) untuk dijadikan Kantor Pemerintah Desa Kedokanagung.

Berkat kerjasama antara Pemerintah Desa Kedokanagung dan masyarakat Desa Kedokanagung, ahirnya Pemerintah Desa Kedokanagung dapat membeli tanah dan membangun Kantor Pemerintah Desa Kedokanagung di Jalan Ratu Winaon (Lurung Tengah) Desa Kedokanagung.

Berikut ini adalah nama-nama Tokoh/Kuwu yang pernah memimpin Desa Kedokanagung :

1. Bpk. SARJANA , tahun 1983 (Pjs)
2. Bpk. H. KANILA , tahun 1984 s/d 1991
3. Bpk. H. HASAN BISRI , tahun 1992 s/d 2001
4. Bpk. TARPIN , tahun 2002 s/d 2003
5. Bpk. DALI WIJAYA , tahun 2003 (Pjs)
6. Bpk. H. BADRUDIN , tahun 2004 s/d 2010
7. Bpk. NASIDA , tahun 2011 s/d 2012 (Pjs)
8. Bpk. JUMHANA BUDI RAHARJO,S.Sos , tahun 2012 s/d 2018
9. Bpk. JUMHANA BUDI RAHARJO,S.Sos , tahun 2018 s/d 2024

sumber:Profil Desa Kedokanagung